He hecho la documentacion para que el codigo sea lo mas legible posible, he hecho comentarios ayudando, etc etc
Lo que mejor ha quedado sin duda ha sido la documentacion en html, aunque la documentacion en pdf no ha quedado del todo mal. Toda la documentacion se encuentra dentro de la carpeta doc, aunque por ahora solo estará si te descargas el código desde subversion, en breve crearé otro paquete que contenga la documentación, pero cuando haga algunos cambios mas visibles.
Os dejo unas imágenes para que veais como ha quedado mas o menos por encima la documentacion en pdf y en html:

PDF

HTML
Si usas python esto es tan fácil de hacer como ir comentando a medida que haces el código en el lugar exacto, justo debajo de cada Clase, debajo de cada módulo, etc etc, y despues usar epydoc, el cual es tan fácil de instalar como:
$ sudo apt-get install python-epydoc
Despues haceis lo siguiente para crear la documentación:
$ epydoc –pdf -o pdf modulo1 modulo2 modulo3 ….
$ epydoc –html -o html modulo1 modulo2 modulo3 ….
Tambien se puede hacer en latex, de hecho, si lo haceis en pdf te genera tambien un fichero en latex, un .dvi, y un .ps
Gracias a Daniel Garcia del proyecto GECO por toda la información.
Saludos!!
PD: por cierto se me olvidaba ya, en la documentación generada en html te permite ver el trozo de código de cada función o clase, lo cual es mucho mas cómodo que el pdf para muchas cosas.